La pequeña historia de la Capilla es reflejo de la gran historia de España, lugar de historia de la Iglesia y espejo de la evolución artística y cultural. El edificio se construyó en estilo gótico entre 1505 y 1517. Un año antes de comenzar había muerto la Reina; el Rey, un año antes de terminar. Durante este periodo ya existía la institución Capilla Real con doce capellanes y un Capellán Mayor. Y la Capilla va recibiendo el precioso legado de los Reyes Fundadores: Pinturas, reliquias, libros, tapices y textiles, ornamentos y vasos litúrgicos.

El siglo XVI es el siglo de la plenitud de la Capilla Real; en él hay tres pasos: Su nacimiento con la creación en vida de la Reina y la construcción en vida del Rey. Se respira el espíritu medieval, resaltando la sobriedad del edificio y de toda la Institución subrayado por el deseo de la Reina que quiso ser sepultada «vestida en el hábito del bienaventurado pobre de Jesucristo San Francisco». Sigue su florecimiento con el Emperador Carlos I. Se adorna el templo, se engrandece la Institución. Es el enterramiento de una dinastía, la aparición del renacimiento, la muestra humanista de la grandiosidad de la gesta histórica. Termina con Felipe II: se mantiene y afirma un legado, pero se le cortan las alas. El Escorial y Simancas son ahora los proyectos de futuro: allá son trasladados la mitad de los restos reales y la librería de la Capilla.

Los primeros cincuenta años del siglo XVII no ofrecen novedad en la Capilla. Se preludia una decadencia que durará toda la segunda parte de este siglo y la primera mitad del XVIII.

Cuando hoy observamos la Capilla encontramos nuevas riquezas de esos dos periodos. El templo se ornamenta al gusto barroco. A los cambios artísticos hay que añadir la profunda crisis económica atravesada por la Institución; se traduce en constantes disminuciones de personal, tanto de capellanes como de servicio.

Mediado el siglo XVIII hay un nuevo resurgir de la Capilla. Identificándose con el sentido originario de la Fundación, Fernando VI se propone recuperarlo; en las nuevas constituciones ordena: «Restablecer en lo posible las decadencias de mi Real Capilla de Granada, y sus bienes dotables, y que en ella se perpetúe más decorosa la memoria de los Señores Reyes Católicos, sus gloriosos fundadores».

En los últimos años, las intervenciones de restauración del inmueble y de sus fondos son constantes. Sobresalen la nueva presentación de la Lonja y de la Sacristía-Museo y la restauración del Retablo mayor. Para estas obras se ha contado con la colaboración de la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía y de la Fundación CAJA MADRID. Su generosa aportación, unida a las de otras entidades privadas y públicas, ha completado la continua inversión del Cabildo de la Capilla Real. Con vistas al V Centenario de la muerte de la Reina Isabel (2004) se preparan nuevas intervenciones significativas: restauración de la gran reja, de los mausoleos reales y de los paramentos, entre otras.

En los últimos años la Capilla aparece como una importante imagen de la Iglesia y Ciudad de Granada. Entre sus numerosos visitantes unos se acercan con interés turístico, otros buscan una fuente de sentido y valor; entre éstos muchos hispanos de ambos lados del Atlántico. El interés que suscita la figura de la Reina Católica polariza en muchos este sentido espiritual de la visita de la Capilla Real. El Cabildo que la sirve es consciente del depósito histórico, artístico y religioso que ha recibido y lo procura mantener, restaurar y transmitir.